Foi avaliada a importância relativa das porções de micro-hábitats para peixes de riachos e a similaridade no uso do hábitat em 19 riachos de três bacias hidrográficas do Cerrado Brasileiro (Paraguai, Paraná, São Francisco). Foram realizadas 74 horas de observações subaquáticas diurnas e noturnas para registrar a associação das espécies de peixes com 11 porções do micro-hábitat de riachos. Dados de presença e ausência foram usados para calcular a conectância das espécies com as porções de micro-hábitat. Nas três bacias, as espécies de Characidae exploraram o maior número de micro-hábitats. Apesar de cada bacia demonstrar diferentes micro-hábitats chave, no geral, os micro-hábitats laterais foram os mais explorados pelos peixes. Estas medidas permitem a detecção de estruturas chaves de hábitat, sendo de grande importância na restauração de ecossistemas aquáticos.