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A rede de saneamento básica associada às medidas de educação em saúde com foco na educação sanitária tem papel fundamental no controle da transmissão de diversos agentes patogênicos de veiculação hídrica, em especial, os vírus associados a gastroenterites e hepatites. Diante da grave crise sanitária estabelecida pela pandemia do novo coronavírus (SARS-Cov-2) e a detecção do vírus em diferentes amostras biológicas, levantou-se a possibilidade da transmissão oral-fecal. Contudo, não se tem evidências científicas desse tipo de transmissão, bem como o novo coronavírus não é infectivo e não é viável a partir do esgoto. Com esse cenário e a limitação de testagem laboratorial da população, o presente artigo tem como objetivo demonstrar as etapas iniciais de desenvolvimento metodológico de um sistema de detecção do de SARS-CoV-2 na rede de esgoto do município de Araguaína. Por meio do mapeamento da rede, foram selecionados pontos estratégicos de interligação e coletadas amostras compostas ao longo das semanas epidemiológicas. As amostras obtidas foram submetidas a análises de pH e temperatura, pasteurização e concentração viral, e na sequência, armazenadas em freezer a -80ºC para posterior análise molecular. A técnica de concentração viral foi otimizada de acordo com a literatura e o tempo de amostragem representou um fator crítico na coleta das amostras. As próximas etapas consolidam a implantação do sistema, permitindo a quantificação da carga viral, e a comparação e sobreposição com os dados epidemiológicos fornecidos pela Secretaria Municipal de Saúde, assim possivelmente representando uma alternativa de vigilância em saúde para a COVID-19.