Este estudo visou investigar o perfil das Pró-reitorias de Pesquisa, Pós-graduação e Inovação da Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica. O objetivo desta investigação foi indagar à comunidade de pesquisa dos Institutos Federais, qual a estrutura política-administrativa do desenvolvimento das atividades de pesquisa na Rede Federal. Como representantes desta comunidade foram escolhidos os pró-reitores de pesquisa. O presente estudo pode ser tratado como analítico-descritivo e a metodologia utilizada para a realização do estudo foi constituída por uma análise bibliográfica sobre as atividades de pesquisa na Rede Federal, a partir dessa revisão foi possível contextualizar as atividades de pesquisa nos Institutos Federais e seguir para o segundo passo metodológico, a pesquisa empírica, bem como realizar a análise dos resultados. Os resultados da pesquisa demonstram a homogeneidade na estrutura político-organizacional das pró-reitorias de pesquisa e também a opção pelo fomento da Inovação Tecnológica no interior das instituições que compõe a Rede. As estruturas colegiadas para a elaboração e controle das políticas de pesquisa estão presente na maioria das instituições da Rede Federal. O estudo detectou um desencontro entre o desenvolvimento da pesquisa e a missão institucional da Rede Federal nos aspectos que falam do desenvolvimento local e da inclusão social. O aprofundamento desse tema em estudos futuros pode ser bastante útil no desenvolvimento de trajetórias de pesquisa alternativas para a Rede Federal