Este artigo tem por objetivo utilizar o conceito de ensino por pesquisa para a proposição de uma metodologia para ensinar ciências, visando organizar a prática escolar e aperfeiçoar os processos de ensino e aprendizagem. Para tanto, realizou-se pesquisa de campo observando-se a prática pedagógica e pesquisa bibliográfica, centrada no ensino por pesquisa. A metodologia de ensino proposta, exemplificada com a temática “Reino Plantae”, está organizada em cinco momentos, tendo como referência a sequência quatro proposta por Zabala (2008), fundamentada no ensino por pesquisa dirigida. A Pesquisa é vista como o princípio básico para o contato com o que o aluno ainda não conhece, estabelecendo relações com seu conhecimento preexistente e fazendo a incorporação do novo conhecimento. Concluiu-se que o processo de ensino por meio da pesquisa dirigida pode contribuir para a construção de conhecimento e, em termos amplos, com o processo educativo.