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O setor dos Agrocombustíveis no Brasil tem passado por mudanças nas suas atividades produtivas e comerciais devido a diversos fatores organizacionais e institucionais. Com a inserção das novas organizações no setor acirrou-se a concorrência entre as unidades produtivas e de beneficiamento, obrigando-as a se organizarem para coordenar a produção e distribuição de forma eficiente. Em face a esta situação, surgiu o objetivo do presente trabalho de identificar as formas de produção destes agrocombustíveis e também as transações utilizadas pelas unidades produtoras no estado do Tocantins. Para isto, foi feita uma pesquisa de caráter qualitativo, no formato de estudo de caso envolvendo, inicialmente uma unidade produtora de agrocombustível no estado do Tocantins. Como arcabouço teórico foi utilizado os conceitos de Economia dos Custos de Transação e da Gestão da Qualidade, onde as diferentes configurações produtivas são representadas com a finalidade de identificar as operações desempenhadas por cada elo da cadeia. Com isso permitiu identificar as distintas operações e configurações que são estão presentes na unidade de processamento pesquisada. Identificou-se também as técnicas necessárias para a produção do agrocombustível. Este estudo também possibilitou apresentar o grau de coordenação das atividades produtivas e melhor estruturação das estratégias de gestão. Possibilitou também inferior o motivo da pouca existência de fornecedores de matéria prima na região.